Từ phiên bản 0.40a, eMule bắt đầu hỗ trợ mạng Kad. Mạng này sử dụng giao thức Kademlia, một giao thức chia sẻ phân tán và không cần máy chủ trung tâm như mạng eDonkey truyền thống.

Một tính năng được thêm vào trong các phiên bản gần đây là hỗ trợ tìm kiếm Unicode (cho phép tìm kiếm các tệp có tên không phải là ký tự la tinh) và khả năng tìm kiếm trên các máy chủ những tệp hoàn chỉnh cho tệp tải về đang thiếu (tính năng này không hỗ trợ trên mạng Kad).

Các phiên bản mới còn có thêm tính năng "Danh sách đen" liệt kê các địa chỉ IP kết nối không thành công. Một IP khi bị vào danh sách này sẽ được xem như là IP chết và bị cấm kết nối trong một khoảng thời gian ngắn, từ 15 – 45 phút. Tuy nhiên, tính năng này gây tranh cãi trong cộng đồng người dùng vì nhiều người cho rằng nó dẫn đến tình trạng thiếu nguồn tải về và do đó làm chậm tốc độ tải. Ví dụ, một nguồn có thể rơi vào tình trạng ngoại tuyến chỉ trong vài phút (do lỗi mạng hay khởi động lại hệ thống) nhưng vẫn bị cấm đến 45 phút.

Một vài tính năng thêm vào khác bao gồm khả năng chạy eMule từ một tài khoản hạn chế quyền nhằm tăng độ an toàn cho hệ thống, khả năng xử lý lỗi thông minh (ví dụ trường hợp tải tệp có kích thước 9,28Mb, nếu có một đoạn của tệp bị lỗi trong quá trình truyền thì chương trình eMule không cần tải về lại toàn bộ tệp, mà nó chỉ cần tải về đoạn tệp bị lỗi sau đó nó tự lắp ghép để hoành chỉnh tệp như bản gốc)

eMule hiện nay đã được xem như một sản phẩm khá ổn định do đó khoảng cách giữa 2 phiên bản được giãn rộng ra, thường vào khoảng 2 đến 3 tháng. Phiên bản mới nhất là v0.50a được phát hành vào ngày 7 tháng 4 năm 2010.

eMule khuyến cáo nên thay đổi thiết lập mặc định giá trị cổng (ví dụ nên sử dụng cổng có giá trị là 20000 thay vì 4662), vì hiện nay rất nhiều ISP làm nghẹt cổng mặc định của giao thức P2P làm tốc độ tải tệp của chương trình rất thấp.